AdWords scriptで 改良版URLにアクセスすることが可能になりました。
リンク:Support for Upgraded URLs in AdWords Scripts
アカウント内のエンティティを2015年7月1日までに移行し、AdWords sciptで改良版URLを取得する設定をすれば、データにアクセスは可能です(2015年7月1日以降は順次自動移行されます)。
アップグレードについての詳細は、URL をアップグレードする方法をご確認ください。
改良版URLにアクセスするためには、AdWords scriptでfinalUrlを取得するようAWQLを設定します。Destination URLの取得にUrlを使っていたところをfinalUrlと差し替えれば基本的には問題ないはずです。